Cette petite ville est située à une centaine de kilomètres au sud de Paris, dans le département de l'Yonne  et  la région de Bourgogne sur la Route Départementale 606, entre les villes de Montereau et de Sens. La ville de Pont-sur-Yonne est le chef-lieu du canton.

Elle est entourée par les communes de Gisy-les-Nobles, Villemanoche et Saint-Sérotin. Elle est située à 12 km au Nord-Ouest de Sens, la plus grande ville des environs, à 68 mètres d'altitude, et est traversée par  la rivière l'Yonne.

La commune est proche du parc naturel régional du Gâtinais Français à environ 40 km.

Ses habitants sont appelés les Pontois et les Pontoises.

La localité doit son nom au pont reliant les rives gauche et droite de l'Yonne, particularité qui a valu à cette petite cité un passé mouvementé.